Marco Simoncelli manteve acesa a chama da corrida ao título de 250cc ao vencer o Alice Motorrad Grande Prêmio da Alemanha, o segundo triunfo do ano de defesa do cetro.
Como em 2008, o piloto da Metis Gilera isolou-se do pelotão ainda cedo. Desta vez, contudo, teve Álex Debón a acompanhá-lo. Simoncelli não conseguiu deixar o veterano espanhol para trás apesar das várias tentativas, se bem que teve espaço suficiente para evitar tentativas de ser ultrapassado.
Debón manteve a segunda posição, o primeiro pódio da temporada de 2009, enquanto atrás dele se desenvolvia quente luta pelo último lugar do pódio. Álvaro Bautista levou o grupo de perseguidores atéà roda do compatriota espanhol na última volta, mas não conseguiu concretizar a manobra sobre Debón, isto apesar de ter assinado novo recorde do circuito. Contudo, conseguiu passar o rival e atual líder da classificação Hiroshi Aoyama, encurtando desta forma a diferença para dez pontos.
Héctor Barberá, que partiu da primeira fila do grid, foi o único piloto a ficar perto dos quatro primeiros, mas até mesmo ele ficou para trás no momento do derradeiro ataque de Bautista e Aoyama. Também envolvido na luta, Mattia Pasini acabou depois caindo com a sua Team Toth Aprilia.
A corrida teve de ser reatada após uma primeira volta marcada pela chuva que se fez sentir em Sachsenring, mas durante a parada entre as duas largadas a pista secou de forma significativa, o que levou os pilotos a voltarem aos slicks.