Com a chegada da chuva, Mike di Meglio fez uso de suas capacidades em pista molhada e garantiu o melhor tempo na primeira sessão de qualificação da categoria 125cc no Estoril. O francês rodou em 1´47.990 o que lhe garantiu uma pequena vantagem para a conquista da pole na pista portuguesa, cerca de quatro centésimos de segundo mais rápido que Nico Terol.
Duas semanas depois de se classificar para a primeira fila do grid e de conquistar seu primeiro pódio, o piloto da Jack&Jones WRB, Terol continuou brilhando no Estoril, alcançando o segundo tempo da tarde. Michael Ranseder colocou o seu nome na primeira fila provisória, seguido por Simone Corsi, companheiro de equipe de Terol.
Tomoyoshi Koyama foi o mais rápido para ocupar a segunda fila, mas o seu tempo foi conseguido com muito esforço. O japonês teve uma queda violenta no final da temporada passada e ainda não se encontra nas melhores condições atualmente. Sandro Cortese e a dupla de pilotos da Bancaja Aspar, Sérgio Gadea e Gabor Talmacsi asseguraram a nível provisório, um lugar nesta segunda fila.
Bradley Smith, pole-position nas primeiras duas corridas do ano, não foi feliz nesta primeira qualificação e foi relegado para lugares secundários. O piloto da Polaris World não foi além do 23º lugar provisório.
Pos.| Piloto | Marca | País | Equipe | Tempo
1 Mike DI MEGLIO Derbi FRA Ajo Motorsport 1’47.990
2 Nicolas TEROL Aprilia SPA Jack & Jones WRB 1’48.357
3 Michael RANSEDER Aprilia AUT I.C. Team 1’48.369
4 Simone CORSI Aprilia ITA Jack & Jones WRB 1’48.407
5 Tomoyoshi KOYAMA Ktm JPN ISPA KTM Aran 1’48.781
6 Sandro CORTESE Aprilia GER Emmi – Caffe Latte 1’48.795
7 Sergio GADEA Aprilia SPA Bancaja Aspar Team 1’48.866
8 Gabor TALMACSI Aprilia HUN Bancaja Aspar Team 1’48.904
9 Joan OLIVE Derbi SPA Belson Derbi 1’49.035
10 Andrea IANNONE Aprilia ITA I.C. Team 1’49.080
11 Pablo NIETO Ktm SPA Onde 2000 KTM 1’49.222
12 Alexis MASBOU Loncin FRA Loncin Racing 1’49.381
13 Raffaele DE ROSA Ktm ITA Onde 2000 KTM 1’49.484
14 Efren VAZQUEZ Aprilia SPA Blusens Aprilia Junior 1’49.495
15 Esteve RABAT Ktm SPA Repsol KTM 125cc 1’49.500
16 Stevie BONSEY Aprilia USA Degraaf Grand Prix 1’49.559
17 Dominique AEGERTER Derbi SWI Ajo Motorsport 1’49.690
18 Pol ESPARGARO Derbi SPA Belson Derbi 1’49.720
19 Scott REDDING Aprilia GBR Blusens Aprilia Junior 1’49.746
20 Lorenzo ZANETTI Ktm ITA ISPA KTM Aran 1’49.763
21 Danny WEBB Aprilia GBR Degraaf Grand Prix 1’49.978
22 Bradley SMITH Aprilia GBR Polaris World 1’50.169
23 Stefan BRADL Aprilia GER Grizzly Gas Kiefer Racing 1’50.403
24 Roberto LACALENDOLA Aprilia ITA Matteoni Racing 1’50.539
25 Jules CLUZEL Loncin FRA Loncin Racing 1’50.841
26 Pere TUTUSAUS Aprilia SPA Bancaja Aspar Team 1’50.873
27 Stefano BIANCO Aprilia ITA S3+ WTR San Marino Team 1’50.986
28 Hugo VAN DEN BERG Aprilia NED Degraaf Grand Prix 1’50.993
29 Takaaki NAKAGAMI Aprilia JPN I.C. Team 1’51.101
30 Marc MARQUEZ Ktm SPA Repsol KTM 125cc 1’51.330
31 Dino LOMBARDI Aprilia ITA BQR Blusens 1’51.835
32 Robert MURESAN Aprilia ROU Grizzly Gas Kiefer Racing 1’52.225
33 Axel PONS Aprilia SPA Jack & Jones WRB 1’53.011
34 Cyril CARRILLO Honda FRA FFM Honda GP 125 1’53.929
35 Ivan MAESTRO Aprilia SPA Hune Matteoni 1’55.011
36 Karel PESEK Aprilia CZE Czech Road Racing JNR. 1’55.453