Álvaro Bautista conquistou sua quarta pole position de 2006 no circuito de Sepang, para isso, aproveitou o tempo do treino cronometrado de sexta-feira. A forte chuva que caiu no circuito malaio fez com que quase todos os pilotos optassem por ficar nos boxes em vez de irem para a pista que estava muito perigosa.
O líder do Mundial da 125cc vai contar com a companhia de Mika Kallio, Mattia Pasini e Joan Olive na primeira fila, enquanto que na segunda fila estarão Hector Faubel, Nico Terol, Lukas Pesek e Fabrizio Lai, um dos poucos a se arriscar na segunda sessão de classificação.
1 Alvaro BAUTISTA Aprilia 2’12.846
2 Mika KALLIO KTM 2’13.974
3 Mattia PASINI Aprilia 2’14.121
4 Joan OLIVE Aprilia 2’14.681
5 Hector FAUBEL Aprilia 2’14.711
6 Nicolas TEROL Derbi 2’14.964
7 Lukas PESEK Derbi 2’15.043
8 Fabrizio LAI Honda 2’15.078
9 Tomoyoshi KOYAMA Malaguti 2’15.394
10 Sandro CORTESE Honda 2’15.402
11 Julian SIMON KTM 2’15.424
12 Gabor TALMACSI Honda 2’15.517
13 Pablo NIETO Aprilia 2’15.796
14 Raffaele DE ROSA Aprilia 2’15.843
15 Sergio GADEA Aprilia 2’15.887
16 Thomas LUTHI Honda 2’16.078
17 Alexis MASBOU Malaguti 2’16.179
18 Lorenzo ZANETTI Aprilia 2’16.358
19 Imre TOTH Aprilia 2’16.362
20 Simone CORSI Gilera 2’16.497
21 Mike DI MEGLIO Honda 2’16.569
22 Stefan BRADL KTM 2’16.577
23 Federico SANDI Aprilia 2’16.614
24 Pol ESPARGARO Derbi 2’16.831
25 Roberto TAMBURINI Aprilia 2’16.933
26 Esteve RABAT Honda 2’17.032
27 Michele PIRRO Honda 2’17.185
28 Karel ABRAHAM Aprilia 2’17.351
29 Manuel HERNANDEZ Aprilia 2’17.384
30 Andrea IANNONE Aprilia 2’17.834
31 Michael RANSEDER KTM 2’18.111
32 Dino LOMBARDI Aprilia 2’18.601
33 Michele CONTI Honda 2’18.684
34 Vincent BRAILLARD Aprilia 2’18.776
35 Joey LITJENS Honda 2’18.960
36 Simone GROTZKYJ Aprilia 2’19.177
37 Doni Tata PRADITA Yamaha 2’19.289
38 Roberto LACALENDOLA Aprilia 2’19.945