Na largada Capirossi tomou a dianteira, Valentino Rossi largou mal e perdeu uma posição, mas logo recuperou a terceira posição, ficando atrás de Melandri e Capirossi que aumentaram o ritmo e se isolaram na frente, Rossi procurou não perder o contato e continuou andando perto dos líderes. A partir da sétima volta o pelotão que seguia na frente com Capirossi, Melandri e Rossi se distanciou nitidamente do grupo que vinha logo atrás.
Uma tentativa de ultrapassagem de Melandri em cima de Capirossi fez com que Melandri mudasse a trajetória e liberasse Capirossi para uma corrida solitária, pois Melandri acabou segurando Rossi na terceira posição. Somente na 15ª volta Rossi conseguiu ultrapassar Melandri para tentar alcançar Capirossi que já estava muito distante.
Na ultima curva Nakano foi derrubado por Sete Gibernau em uma ultrapassagem o que valeu a quinta posição para Hayden.
Loris Capirossi fez uma prova perfeita, sem erros e praticamente passeou em Motegi, repetindo assim a vitória de 2005.
Pos.| Piloto | Marca | País | Tempo | Equipe
1 Loris CAPIROSSI Ducati ITA 43’13.585 Ducati Marlboro Team
2 Valentino ROSSI Yamaha ITA 43’18.673 Camel Yamaha Team
3 Marco MELANDRI Honda ITA 43’21.963 Fortuna Honda
4 Sete GIBERNAU Ducati SPA 43’23.297 Ducati Marlboro Team
5 Nicky HAYDEN Honda USA 43’25.529 Repsol Honda Team
6 Toni ELIAS Honda SPA 43’31.693 Fortuna Honda
7 Dani PEDROSA Honda SPA 43’33.522 Repsol Honda Team
8 Colin EDWARDS Yamaha USA 43’36.077 Camel Yamaha Team
9 Kenny ROBERTS JR Kr211V USA 43’40.409 Team Roberts
10 Makoto TAMADA Honda JPN 43’44.555 Konica Minolta Honda
11 Chris VERMEULEN Suzuki AUS 43’52.848 Rizla Suzuki MotoGP
12 John HOPKINS Suzuki USA 43’53.025 Rizla Suzuki MotoGP
13 Kousuke AKIYOSHI Suzuki JPN 43’59.180 Team Suzuki MotoGP
14 Carlos CHECA Yamaha SPA 44’03.156 Tech 3 Yamaha
15 James ELLISON Yamaha GBR 44’22.670 Tech 3 Yamaha
16 Alex HOFMANN Ducati GER 44’25.333 Pramac d’Antín MotoGP
Não Terminaram:
Shinya NAKANO Kawasaki JPN 41’34.655 Kawasaki Racing Team
Casey STONER Honda AUS 21’48.380 Honda LCR
Randy DE PUNIET Kawasaki FRA 14’38.163 Kawasaki Racing Team
Naoki MATSUDO Kawasaki JPN 14’51.515 Kawasaki
Jose Luis CARDOSO Ducati SPA 2’01.020 Pramac d’Antín MotoGP